Les Missions eau ont pour objectif la reconquête de la qualité de la ressource en eau.

A l’échelle de chaque secteur, des études sur les transferts des eaux (infiltrations ou ruissellements) ont permis de déterminer les problématiques principales de pollutions. Toutefois, l’évolution des pratiques de traitement et d’épandage, la mise sur le marché de nouvelles molécules phytosanitaires, l’aménagement du territoire, etc., impliquent un travail renforcé de veille sur les pollutions anciennes et émergentes et également d’acquisition de référence sur chaque secteur  :

– suivi de qualité des eaux souterraines et superficielles,

– suivi des pratiques d’entretien de la zone à enjeux eau,

– mise en place d’expérimentations.

Ce travail permet de cibler au mieux les actions à mettre en place et d’axer la modification des pratiques sur les zones préférentielles de pollution de la ressource en eau.
Cela permet aussi d’orienter les projets et les conseils techniques sur chaque secteur : arrêt de l’utilisation de certaines matières actives phytosanitaires, mise en place d’aire de remplissage et de lavage de pulvérisateur, remise en herbe de zones vulnérables, limitation voire arrêt des traitements par les gestionnaires de zones publiques, etc.